STORY-ストーリー-
199X年、地球は最終戦争の炎に包まれず、自然破壊も起こらなかった・・・
そして時は21世紀。平和な日本。
究極の暗殺拳である「北斗神拳」を使う場面もなく、
世紀末を求めてさすらうケンシロウがたどり着いたのは、なんと『世紀末学園』だった！？
世紀末を求めてさすらうケンシロウがたどり着いたのは、なんと『世紀末学園』！？
転校生と間違われたケンシロウは、リンに連れられて２年もみ組へ。そこへいきなり、
ジードやトランプたちが襲ってきた！！
黒生徒会長を目指し学園を牛耳ろうとしているシンと戦うことになったケンシロウ。
トランプを倒しながら、シンのいる２年黒組を目指す。黒組に着いたケンシロウたちを
待ち受けていたのは、巨大なブタだった！？
平和が戻った世紀末学園に次に現れたのは、トキとラオウ。２人は、世紀末学園に入学したくてやってきたと言う。リュウケンは、３兄弟のうち一人を入学させることに。そして１人を選ぶためのミッションが与えられた！
リュウケンは、３兄弟に新たなミッションを与える。それは、世紀末学園の時計台の針を５分進めるというもの。「できそう！」と３兄弟が時計台へ行くと。それは、空高くそびえ立ち、純金の旗がついた時計台で…。
次なる３兄弟へのミッションは、保健室へ行き、バンソーコーをもらってくるというもの。ユリア先生に会えると大興奮の３兄弟。移転した保健室を探し、学園内を走り回る。そこで３兄弟は、巨大な女生徒、デビルリバ子と会う。
ユリア先生からハガキが届いた。今ユリア先生は、北海道の北斗市にいるという。「ぜひ遊びに来て」と書かれたハガキを見た３兄弟。トキが用意した自転車に乗り、一路北海道を目指す！その頃、リュウケンもまた、北斗市にいたのだが…。
3兄弟に、新たなミッションが与えられた！それは、トイレにいるお化けを退治するというもの。だが３兄弟は、お化けが大の苦手。保健室入室タダ券につられて引き受けたものの、すっかり逃げ腰になっていて…。
教室でいきなり事務所を構え、商売を始めたトキ。怒るバットに、トキは自分がどうして闇商売を始めたかについて語り出す。トキの先生は、コウリュウ。トキが初めて経済に興味を持ったのは、中学生の頃のことだった。
北海道北斗市に、修学旅行にやってきたケンシロウたち。ピラミッドがそびえ立つこの町を案内するのは、サウザーそっくりのガイドさん、ザウサー。リュウケンは、何かと金を使わせようとするザウサーから借金を重ねる。
リュウケンからのミッションで、世紀末学園の校歌をつくることになった３兄弟。本気になったラオウは、机に向かって歌詞を作り始める。だが、校歌に使ってはいけないＮＧワードがある。悩んだラオウは…。
避難訓練のプリントを届けに、フドウの家にやってきたラオウ。だがいきなりフドウにつぶされ、フドウの腹から体が抜けなくなってしまった！仕方なくラオウは、フドウとおかしな共同生活を始めることになる。
リハクの司会で、クイズショーが始まった。学園アニメらしく、いろいろな科目から質問が出されるものの、クイズの内容はおかしなものばかり。しかも、最後には意外な結末が待っていた！？
前回、リハクのクイズショーで登場したリハクの娘、トウ。ラオウと幸せをつかんだトウが、かぞえ歌を歌い出す。
世紀末学園をクビになったシンが帰ってきた！シンはずっと、密かに学園に戻る機会をうかがっていたのだ。リュウケンから学生証を取り戻したシンは、ユリアのいる保健室を目指す。三兄弟は協力して、シンと戦うことにする。
最近、何者かの視線を感じるというリュウケン。教室が停電になった間に倒されてしまった。誰がリュウケンの命を狙ったのか。リンに、犯人を見つけた者には入学採用権を与えると言われ、三兄弟は推理を始める。
階段でリュウケンとぶつかったユリア。気がつくと、リュウケンと人格が入れ替わっていた。それを知らない三兄弟が現われ、次のミッションを受ける。さらにシンまでやって来て、リュウケン姿のユリアはすっかり翻弄される。
学園長は大好きなアイドルのアスカちゃんを、学園祭に呼ぶことにした。だがアスカちゃんには、ネットでペロペロ予告が出ているらしい。学園長は三兄弟に、アスカちゃんを守るミッションを与える。
学芸会で「桃太郎」をやることになった２年もみ組。三兄弟は誰が桃太郎の役をやるかで争うが、結局リュウケンも一緒に、四人で桃太郎をやることに。一同はさっそく桃太郎の姿になり、鬼が島を目指し歩き始める
世紀末学園に、声優科が作られることになった。声優科に入りたいと来た生徒はたった一人、アイリだけ。三兄弟も一緒になって、さっそく声優科の授業を受ける。そしてアイリは、オーディションを受けることになるが…。
もみ組に、教育実習の先生がやってきた。先生の名は、マミヤ。マミヤ先生は、ノリノリで「みんな、マミってる～？」とポーズ。みんなの心をつかみ、どんどん授業を進めていく。
リュウケンが、世紀末学園の塔のてっぺんに引っかかってしまった。そして、ユリアの保健室もまた、塔につるされることに。片方を助けようとすると片方がバランスを崩す危険な状態で、ケンシロウとラオウは、二人を助けることができるのか！？
リュウケンのおつかいで、スーパーに向かったトキ。ふと気がつくと、見慣れない街に来ていた。空腹でパンを盗んだトキは、パン屋のオヤジ等に追われ、一軒の家に逃げ込む。そこにいた少女はトキのことをサンタクロースと思いこむのだった。
世紀末学園に、他の学校のほうからハン、ヒョウ、カイオウが手下を引きつれて攻めてきた！そして北斗琉々グループの理事長も登場。彼らの狙いはリュウケン!? 初めは知らんぷりしていた三兄弟だが、学園のため戦うことにする。
世紀末学園の危機にシン、タネもみ先生やもみ組の生徒たち、デビルリバ子にリン、バットも戦い始める。そして三兄弟もまた、熾烈な戦いに身を投じる。リュウケンは、そして世紀末学園の行く末はいかに……！?
